辣椒可以冷冻保存，但不建议将辣椒冷冻保存。因为新鲜的辣椒含有水分，经过冰冻后，部分辣椒内的自由水会冻成冰，这样就会破坏辣椒的肉质，解冻后口感也会变软。辣椒放冰箱冷藏室比较合适。
最佳的保存方式
1、放入保鲜区（用保鲜袋可以15天左右）
现在的冰箱存储功能非常大，不仅有冷藏有冷冻，还有保鲜区。保鲜区可以使食物保持新鲜度非常高，而且可以放置五到15天，所以把辣椒放入保鲜区进行保鲜也是很好的。
2、放在通风处
如果家里没有冰箱，可以将辣椒分散开来，然后放在阴凉通风处存放。这样的话可以保持辣椒表面比较干燥，不容易发生霉变，同时放置的时间也比较长，一般可以放三到五天。但是时间久了辣椒表面的水分就会被蒸发掉，建议三到五天之内把买回来的辣椒食用完毕。
3、熬成辣椒酱
有时候在辣椒大量上市的季节，价格非常便宜，买回来时间又不能放置很久，那么就可以用它来制作各式辣椒酱。制作成的辣椒酱放置的时间相对比较久，而且味道比较好，可以烹煮各种菜肴。
辣椒不可以冷冻存放。新鲜的辣椒是含有水分的，经过冰冻后，部分辣椒内的自由水会冻成冰，会破坏了辣椒的肉质，经过解冻后会发现辣椒变软，失去原来的味道。