1、生活区域不同。
剑骨鱼：分布于中国钱塘江、九龙江、韩江、珠江、元江等水系。和南亚地区的湄公河流域及马来西亚、印度尼西亚的内陆河流。
叉尾鱼：属夜行性动物，白天静静地藏在河底的坑里或树根下。食量大，如多瑙河鲇的大型种类会袭击小型的水鸟或老鼠，底层凶猛性鱼类。怕光，喜欢生活在 江河近岸的石隙、深坑、树根底部的土洞或石洞里，以及流速缓慢的水域。
2、食性不同：
剑骨鱼：剑骨鱼（斑鳠）的食谱较广，摄取的食物包括甲壳类、昆虫类、鱼类、软体动物、环节动物、枝角类、桡足类、轮虫、原生动物、藻类、菜叶及水生植物等，是以摄食水生无脊椎动物为主，兼食其他一些动植物性食物的底层温和肉食性鱼类。
叉尾鱼：肉食性鱼类，捕食对象多为小型鱼类，如餐条、鲫鱼、鰕虎鱼、麦穗鱼、鲤鱼、泥鳅等，也吃虾类和水生昆虫。以吞食为主，牙齿的作用主要是防止食物逃脱。