地铁13号线开通范围包括:井冈山路站、积米崖站、灵山卫站、学院路站、朝阳山站、辛屯(灵山湾)站、两河站、隐珠站、凤凰山路站、双珠路站、世纪大道站、盛海路(世博城)站、大珠山站、张家楼站、古镇口站、龙湾站、琅琊站、贡口湾站、董家口港站、泊里站、董家口火车站，共21个车站。 因嘉陵江路站、香江路站受其他线路规划影响，暂时不具备开通条件。
开通后，地铁13号线采用大小交路运行模式: 大交路为井冈山路站～董家口火车站，单程运行时间约72分钟，发车间隔为14分50秒 小交路为井冈山路站～大珠山站，单程运行时间约30分钟，发车间隔为7分25秒。