东莞第一二的运行时间为：工作日周一至周四6:30-22:30，工作日周五、双休日、节假日6:30-23:00。东莞火车站、虎门火车站的首班车时间为6:30，其他各站首班车时间会有所不同。
结合东莞实际，2号线开通试运营后，把工作日7：00-9：00，17：00-19：00定义为高峰时段，其他时段为平峰时段，把双休节假日11：00-20：00定义为高峰时段，高峰时段行车间隔约8分钟，平峰时段间隔约10分钟。
往东莞火车站方向服务时间为6:30-23:05往虎门火车站方向工作日服务时间为6:30-22:30，非工作日服务时间为6:30-23:00。非工作日为普通双休日及节假日（含放假调休），其余为工作日。