非洲小叶紫檀因与原产于印度的小叶紫檀颜色相近、宏观性质相似，富含紫檀素故而得名非洲小叶紫檀，但二者并非同种植物。其油性比印度小叶紫檀稍差，是目前市场上除“小大叶”之外最容易冒充印度小叶紫檀的木材。
小叶紫檀与非洲小叶紫檀的区别可以通过肉眼辨别，用感觉来形容。非洲小叶紫檀干净、粉嫩，缺少印度小叶紫檀的沧桑感。
非洲小叶紫檀，又名科檀，切割时无任何香气其锯末为浅红色，木材表面，特别是接近原木中心地方多呈黄色、金黄色，接近原木外表颜色逐渐猩红色木材表面细腻平滑，不见棕眼或棕线，更不见牛毛（S）纹。这三点，与印度小叶紫檀区别甚大。
印度小叶紫檀，又名檀香紫檀，切割时有香气其锯末为橘黄色心材新切面为橘黄色，个别老建筑拆房料为橘红色，空气氧化后为红色，久则深紫木材表面可见棕眼或棕线，多见牛毛（S）纹。